从入门到精通,生信服务器搭建与操作教程全解析

这是一个比较宽泛的主题,因为“生信服务器”可以指代很多不同的东西,从运行特定分析脚本的简单虚拟机,到配置好的分析软件包集合(如 Bioconda),再到复杂的云平台或专用的计算集群。
为了给你一个有用的教程,请先告诉我你"具体想做什么"?例如:
1. "你想在自己的电脑上搭建一个生信分析环境吗?" (这通常不需要“服务器”,而是本地环境配置) 2. "你想租用云服务器(如阿里云、腾讯云、AWS、Google Cloud)来运行你的分析吗?" (这涉及到服务器选择、购买、连接、基础设置) 3. "你想学习如何在已有的服务器上安装和配置常用的生信软件(如 Samtools, Bowtie2, GATK, BLAST, HMMER 等)吗?" (这涉及到 Linux 基础、软件编译/安装、环境配置) 4. "你想了解如何使用现成的分析平台或容器化解决方案(如 Docker, Singularity, Bioconda)吗?" (这提供了更方便、可重复的分析环境) 5. "你想学习如何管理一个为多人服务的计算集群吗?" (这涉及到更高级的系统管理和计算资源调度知识)
"假设你是指第 3 点:在服务器上安装和配置常用的生信软件,以下是一个非常基础的、基于 Linux 的教程

相关内容:

上一章教程中,我们介绍了windows系统如何下载并使用MobaXterm与Filezilla,今天我们介绍Mac系统如何如何操作。

此外,我们对使用Rstudio与JupyterHub进行了介绍。


01

Filezilla

首先,在网址栏输入Filezilla for mac,下载中文破解版或者是原版。

示例1

示例2


然后下载并安装后,看一下初始界面:

示例3

可以看到,界面与windows操作系统下filezilla界面几乎相同。


点击服务器图标:

示例4


跳出来的界面,咋们输入相关信息:


示例5

然后便可以和windows系统下的上传,下载文件一样的操作啦。


02

iTerm2

由于MobaXterm并没有Mac系统的版本,因此这里我们使用iTerm2来进行操作,由于网上对于这个软件已经有了非常详细的介绍,因此这里我们附上一篇知乎推文的连接,大家可以按照步骤操作


https://zhuanlan.zhihu.com/p/550022490


03

R

同样的,我们输入网址:sxycloud.cn:6001


示例6


然后便会跳转到一个登录界面:

示例7


同样填写自己的用户名和密码:


示例8

接下来我们便跳转进入了Rstudio的界面,其中安装的是最新版的R与一些系统盘下安装好了的R包:


示例9

我们查看一下当前路径:

示例10


查看一下当前目录下有什么:

示例11

我们看一下包安装在哪的:

示例12

我们查看一下包都安装在哪:

示例13

上图提示前两个文件夹中都没有R包,那我们具体看一下R包在哪,刚才代码跳出了一个窗口:

示例14

我们可以看到主要是在最后一个目录里面,因此我们在安装R包的时候就注意安装到最后一个目录。

示例15

好啦!

还有一个问题就是,关于运行文件和保存文件的目录,一定要是data里面哦,不要放到home里面了。

示例16

04

JupyterHub



示例16

示例17

同样的也是如R操作,这里就不多讲啦!

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