如何使用 Loki 分析 Sysmex HCLAB 讯息格式

在撰写仪器连线程式与检验系统 LIS 介接时，医检师通常只会知道检验系统所订定的医令代码 LIS Code，但对我们来说需要的则是能够驱动仪器运作的医令代码 Test ID。

虽然 Host Interface Specifications 也会提供 Test ID，但常常也让人摸不着头绪，例如嗜中性白血球写 NEUT% 实际上却是 NEUT^SEG/NEUT。

所以今天就来教大家如何将使用 Loki 分析 Sysmex HLCAB 讯息格式，我们直接从仪器回传的报告数据进行分析。

Sysmex HCLAB
一般的仪器通常都是透过 RS232 实作 ASTM 协定来与介接程式进行通讯，Sysmex HCLAB 则是会在 HCLWAN 的电脑主机透过网路芳邻 CIFS 来共享 ASTM Order 与 Result。

介接程式所在的连线电脑主要负责以下两件事情

定期询问 LIS 是否有检体需要测定，产生医令档案在 Order 资料夹。定期监听 Result 是否有档案产生，分析档案数据写入 LIS 的资料库。

不论是在 Order 或者 Result 资料夹，HCLAB 与介接程式大约会在 2 秒内把档案读取并删除，若想要複製大量的档案来进行分析，我们必须先撰写程式来瞬间複製档案。

private void StartCopyResult(CancellationToken token){    string _path = Directory.GetCurrentDirectory();    string sourceFolderPath = @"Y:\"; // Result 资料夹路径    string targetFolderPath = $@"{_path}\ASTM\Result\{DateTime.Now.ToString("yyyy-MM-dd")}\";    if (!Directory.Exists(targetFolderPath))        Directory.CreateDirectory(targetFolderPath);    while (token.IsCancellationRequested == false)    {        var sourceFiles = Directory.GetFiles(sourceFolderPath);        var targetFiles = Directory.GetFiles(targetFolderPath);        // 使用 LINQ 查询比对尚未複製的档案        var filesToCopy = sourceFiles            .Where(sourceFilePath =>            !targetFiles.Contains(Path.Combine(targetFolderPath, Path.GetFileName(sourceFilePath))))            .ToList();        foreach (var sourceFilePath in filesToCopy)        {            string fileName = Path.GetFileName(sourceFilePath);            string targetFilePath = Path.Combine(targetFolderPath, fileName);            try            {                // 複製档案到目标资料夹                File.Copy(sourceFilePath, targetFilePath);                Console.WriteLine($"複製档案: {fileName}");            }            catch (Exception ex)            {                Console.WriteLine($"複製发生错误: {ex.Message}");            }        }        Thread.Sleep(100);    }}

可以看到大概收到了快两千个检体的档案，假设每个检体都做 CBC 全套血液检查 13 项，那大概会有 24,908 个医令需要确认。

看一下 Sysmex HCLAB 产出的 ASTM 格式如下

H|^~\&||||||||||P|A.2|20230926132149P|1|11209268033|||11209268033|||U|||||00^00||||||||||||00^00OBR|1|^000025^01|UK1209268033L|WBC^WBC~RBC^RBC~HGB^HGB~HCT^HCT~NEUT^SEG/NEUT~LYMPH^LYMPH~MONO^MONO~BASO^BASO~EO^EO~PLT^PLT~MCH^MCH~MCV^MCV~MCHC^MCHC|||20230926121300||||||^|20230926121300|^|||||||20230926132140||CTRLAB^CTRLAB|||OBX|1|NM|WBC^WBC||6.10|10^3 /uL|4.00-11.00||||F|20230926132140|D-XN10|||AUTOVERIFYOBX|2|NM|RBC^RBC||4.70|10^6 /uL|3.70-6.20||||F|20230926132140|D-XN10|||AUTOVERIFYOBX|3|NM|HGB^HGB||13.4|g /dL|11.3-18.0||||F|20230926132140|D-XN10|||AUTOVERIFYOBX|4|NM|HCT^HCT||43.1|%|33.0-53.0||||F|20230926132140|D-XN10|||AUTOVERIFYOBX|5|NM|MCV^MCV||91.7|fl|79.0-99.0||||F|20230926132140|D-XN10|||AUTOVERIFYOBX|6|NM|MCH^MCH||28.5|pg|26.0-34.0||||F|20230926132140|D-XN10|||AUTOVERIFYOBX|7|NM|MCHC^MCHC||31.1|g /dL|30.0-36.0||||F|20230926132140|D-XN10|||AUTOVERIFYOBX|8|NM|PLT^PLT||198|10^3 /uL|150-400||||F|20230926132140|D-XN10|||AUTOVERIFYOBX|9|NM|NEUT^SEG/NEUT||55.6|%|40.0-75.0||||F|20230926132140|D-XN10|||AUTOVERIFYOBX|10|NM|LYMPH^LYMPH||35.4|%|20.0-45.0||||F|20230926132140|D-XN10|||AUTOVERIFYOBX|11|NM|MONO^MONO||5.7|%|2.0-10.0||||F|20230926132140|D-XN10|||AUTOVERIFYOBX|12|NM|EO^EO||2.8|%|1.0-6.0||||F|20230926132140|D-XN10|||AUTOVERIFYOBX|13|NM|BASO^BASO||0.5|%|0.0-1.0||||F|20230926132140|D-XN10|||AUTOVERIFYL|1||1|16

我们需要将资料转换 Loki 方便处理的格式

private void PaserResult(){    string resultPath = @"C:\Users\ivan_cheng\Desktop\ASTM\Result\2023-09-27";    string outputPath = @"C:\Users\ivan_cheng\Downloads\Sysmex_Result\";    string line;        string barcode;    List<string> results = new();    var files = Directory.GetFiles(resultPath);    if (!Directory.Exists(outputPath))        Directory.CreateDirectory(outputPath);    foreach (var file in files)    {        results.Clear();        line = string.Empty;        barcode = string.Empty;        StreamReader sr = new(file);        //Read the first line of text        line = sr.ReadLine();        //Continue to read until you reach end of file        while (line != null)        {            if (line.StartsWith("OBR"))            {                string[] fileds = line.Split('|');                barcode = fileds[3];            }            if (line.StartsWith("OBX"))            {                string[] fileds = line.Split('|');                string test = fileds[3];                string result = fileds[5];                string unit = fileds[6];                string reference = fileds[7];                string abnormal = fileds[8];                string resultStatus = fileds[11];                string record = $"{barcode}|{test}|{result}|{unit}|{reference}|{abnormal}|{resultStatus}";                results.Add(record);            }            //Read the next line            line = sr.ReadLine();        }        //close the file        sr.Close();        if(results.Any())            File.WriteAllLines(@$"{outputPath}{barcode}.txt", results);    }}

转换过的格式如下

UK1209268033L|WBC^WBC|6.10|10^3 /uL|4.00-11.00||FUK1209268033L|RBC^RBC|4.70|10^6 /uL|3.70-6.20||FUK1209268033L|HGB^HGB|13.4|g /dL|11.3-18.0||FUK1209268033L|HCT^HCT|43.1|%|33.0-53.0||FUK1209268033L|MCV^MCV|91.7|fl|79.0-99.0||FUK1209268033L|MCH^MCH|28.5|pg|26.0-34.0||FUK1209268033L|MCHC^MCHC|31.1|g /dL|30.0-36.0||FUK1209268033L|PLT^PLT|198|10^3 /uL|150-400||FUK1209268033L|NEUT^SEG/NEUT|55.6|%|40.0-75.0||FUK1209268033L|LYMPH^LYMPH|35.4|%|20.0-45.0||FUK1209268033L|MONO^MONO|5.7|%|2.0-10.0||FUK1209268033L|EO^EO|2.8|%|1.0-6.0||FUK1209268033L|BASO^BASO|0.5|%|0.0-1.0||F

接下来就是把这些转换过的档案推送到 Loki，若对 Loki 不熟的朋友可以参考一下之前的文章喔。

撰写 promtail-local-config.yaml

server:  http_listen_port: 9080  grpc_listen_port: 0positions:  filename: ./positions.yamlclients:  - url: http://your_loki_server:3100/loki/api/v1/pushscrape_configs:- job_name: SysmexResult  static_configs:  - targets:      - localhost    labels:      job: SysmexResult      __path__: C:/Users/ivan_cheng/Downloads/Sysmex_Result/*

接下来就可以到 Grafana 绘製分析的仪表板

Result 使用到的 LogQL 语法如下

{job="SysmexResult"}|~ "((?i)$Barcode|(?i)$Test)"| pattern "<barcode>|<test>|<result>|<unit>|<reference>|<abnormal>|<resultStatus>"

若想要分析 Test ID 数量的 LogQL 语法如下

sum by (test) (    count_over_time({job="SysmexResult"}    | pattern "<barcode>|<test>|<result>|<unit>|<reference>|<abnormal>|<resultStatus>"    [$__interval]))

完成的仪表板如下，我们总共分析了 2,863 个检体与 24,106 个检验项目。

Test 为检验项目的医令与出现次数Unit 为检验项目的单位与出现次数，Value 代表空白。Abnormal 为检验项目是否异常与出现次数，Value 代表空白。Result Status 为检验项目的状态与出现次数

我们可以在 Test 搜寻栏位输入 DFTO 快速地找到该笔的资讯与条码编号

再透过 Barcode 搜寻栏位输入条码编号来找到该检体的所有项目与数据。

如此一来我们就可以在 24,106 个检验项目中快速分析出现过的医令有哪些，非常的耐斯。